南洋公学，即后来的交通大学，当时已经是一所享有盛誉的新式学府。然而，尽管学校在教学和管理上持续创新，但部分聘请的教师仍保留着私塾背景，坚持封建礼教，这与学生追求的新思想新文化产生了深刻的冲突。1902年，清光绪二十八年十一月五日，一次关于倒空墨水瓶的事件引发了轩然大波。文科教习郭镇瀛认为这是学生对其“腹中无墨”的羞辱，严词追查并决定开除全班，此举引起了学生的强烈不满，最终导致集体退学，即著名的“墨水瓶事件”。
为平息事态，学校邀请特班班主任蔡元培出面调停。他劝说学生暂时停止罢课，但与校方的协商并未取得明显成果。结果，一百四十五名学生选择退学，蔡元培也因无法改变现状而辞职，与学生们一同离开了南洋公学。在蔡元培的帮助下，部分学生转投当时为法国天主教神父的马相伯门下。马相伯于次年在徐家汇天文台旧址租借房屋，创立了震旦大学院，亲自担任院长。他编写教材如《拉丁文通》和《致知浅说》，并实行学生自治的管理模式，这标志着一个新教育理念的诞生。
震旦大学（Aurora University）是天主教耶稣会在中国上海创办的著名教会大学，是中国近代著名高校。由中国神父马相伯于1903年2月27日，在徐家汇天文台旧址创办。震旦是印度对中国旧称，英、法文校名分别为Aurora和L'Aurore。1952年全国院系调整，将震旦大学各院系分别归并上海市各有关高等学校。