我国湿地生态旅游发展尚存在大量问题。主要原因在于；
1 许多人对于生态旅游的理念并不了解，湿地生态旅游往往虚有其名，旅游发展恶化了湿地生态系统。 例如，国际湿地大连斑海豹国家级自然保护区，位于渤海辽东湾行政区域属辽宁省大连市管辖面积909万公顷1992年经大连市人民政府批准建立。1997年晋升为国家级主要保护对象为斑海豹及其生态环境。2002年2月列入《湿地公约》国际重要湿地名录。由于该湿地地处辽东半岛南端，地处温带、气候宜人、自然风光和人文景观荟萃。周边地区分布着雄伟的山岳、秀丽的江湖、曲折的海岸线和美丽的海滩。还有茂密的森林植被和可爱的珍奇动物。具备极其丰富的旅游资源。 每年都有大量游客参观访问该保护区，了解野生海豹的生活习性。承接游客的这些旅行社多半采用传统旅游的方式。提供诸如休闲渔业，度假旅游--乘摩托艇上岛赶海、钓鱼、游泳、吃农家饭、尝真海鲜、观斑海豹、夜晚篝火、卡拉OK以及自助烧烤等服务。旅行团人数通常限制在100人上下。而这些都没有完全遵守国际生态旅游学会有关选择具备生态旅游条件的目的地。避开脆弱、敏感的生态地域。以及旅行团队人数要控制在适当的范围内，一般在20人以内。等规定。 这至少说明，?大众化的生态旅游活动在中国还远远没有实现。这是和我国引入生态旅游概念较晚，推广和相应服务设施建设不足，国内大多数人都尚不了解生态旅游的真正意义等因素密切相关的。
2 湿地管理机构盲目发展旅游；湿地本身由于工业、农业、鱼牧业等方面的影响生态系统受到破坏。大众旅游的发展加重它的恶化，生态旅游难以发展。 国家说应该开发湿地资源，很好的办法就是利用湿地地区的旅游资源。国家最大化利益的行动是走生态旅游、可持续发展的道路。这样可以实现社会福利的最大化。但是，这可不是下层干部最大化其效用的途径。从理论上讲，由于旅游业基本上没有生产活动，主要是直接利用自然及人文资源。所以被喻为“无烟工业”。和传统产业相比，它和环境保护、生态建设的冲突应为最小。二者应该能够达成一个互惠互利的良性循环，但事实并非如此。旅游业在作为一个产业来发展后与人文生态环境保护之间的冲突日益加深。例如，已列入国际重要湿地名录的青海湖鸟岛自然保护区，就发生了旅游开发和环保的冲突。鸟岛由于其天然的资源优势和周边较好的基础设施，被青海视为旅游开发的王牌之一。青海省不仅将自然保护区的人力财力主要投入到旅游开发中，还在景观最奇特的保护区的核心区蛋岛旁开发建设了敞开式的观景台。游客可以直至正在孵化产卵的鸟近前10米左右。按照国家自然保护区管理条例严禁游客进入的国家级自然保护区的核心区竟成了旅游的特区。此举造成了鸟岛鸟种群数量十年下降了70℅。
3 法律机制不健全。 首先，缺少一部专门的、全国性的、统领湿地生态环境保护工作全局的、效力较高的主干法律。该法律应对人文生态环境保护工作的普遍性问题作出规定，为其他法规的制定提供依据。现有的立法都是根据不同的保护对象和各部门的需要而设立。较为零乱和分散、缺乏系统性、完整性、不仅易造成立法间的重复甚至矛盾。且使得地方性立法缺少可以参照的典范，这样自然会影响到湿地生态环境保护立法的质量。因此，需要针对此类法律调整问题进行整合。通过首先确定一个统一的综合性政策目标来逐渐实现其保护目的。
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