北京出入境检验检疫局始终坚持“科技兴检”战略，紧扣检验检疫事业发展需求，大力加强科技建设，结合国际科技前沿技术发展情况，以前瞻性、突破性和带动性强的重大科研项目为着力点，建立了一批实用、有效的检测方法，打造了荧光定量PCR、生物芯片和纳米检测三大技术平台，为检验检疫行政执法提供强大的技术支持和保证。2001年至2009年，北京检验检疫局主持国家级科研计划项目8项，主持国家质检总局科研计划项目100项，主持北京市科委科研计划项目6项，主持国家质检公益性项目1项；主持制订国家标准51项，主持制定检验检疫行业标准136项。此外，还结合科研工作的需要，建立了博士后工作站，开展专项课题攻关。
北京出入境检验检疫局拥有食品安全、动物、植物、疯牛病、机电、纺织品、玩具、医学和金属等9大类具有国际水平的实验室。其中，国家禽流感检测重点实验室、国家疯牛病检测重点实验室、国家艾滋病检测重点实验室和国家食品安全检测重点实验室已通过国家质检总局验收。羊绒及其制品、玩具、马病、信息技术、植物繁殖材料、移动通信设备、生物安全和医学媒介生物等8个检测实验室被国家质检总局列入规划内国家级重点实验室。食品化妆品检测中心实验室、金属及金属材料检测中心实验室、水生动物病检测中心实验室、动物检验检疫中心实验室、植物检疫中心实验室、结核病检测中心实验室等6个实验室被国家质检总局列入区域性检测实验室。这些实验室均通过了实验室认可和计量认证，不仅为检验检疫工作提供检测技术支持，也可为相关政府部门和委托单位出具检测报告。疯牛病检测重点实验室是国家质检总局在全国检验检疫系统设立的唯一的疯牛病检测实验室，艾滋病检测实验室是我国首批艾滋病确认实验室之一,也是全国质检系统唯一的艾滋病确证中心实验室。
实验室拥有一批具备国际先进水平的科研和检测设备，主要包括液相色谱-线性离子阱/静电场轨道阱组合质谱联用仪、液相色谱-三重串联四级杆质谱联用仪、气相色谱-三重四级杆串联质谱联用仪等。此外，还在首都国际机场、西客站装备了红外体温监测仪、行李检查X光机、核生化检测仪、通道式车辆核辐射监测系统、通道式行人核辐射监测系统、车载流动式核辐射系统等；在国际旅行保健中心装备了全套人员健康体检设备，主要包括全自动生化分析仪、全自动生化免疫检测仪、流式细胞仪、彩色超声诊断仪、全自动血球仪等。
北京出入境检验检疫局积极推进“大通关”工作，大力推进信息化建设，建成了以局机关为中心，辐射各分支机构和各工作点的信息化光纤网络，建立了以“电子申报、电子监管、电子放行”为核心的“三电工程”以及“集中审查快速核放”与“绿色通道”制度，为进出口企业和首都外向型经济的发展提供了快捷便利的服务。
为了适应加入世界贸易组织的要求，北京出入境检验检疫局积极探索检验检疫监管方式改革，将监管工作前移到生产过程之中，抓生产源头和关键环节的管理，积极促进企业建立健全质量管理体系，提高产品质量和管理水平，加快实施出口企业分类管理和出口商品免验制度。积极帮助出口食品企业申请国外注册，接受国外官方的注册检查，先后接待了美国、欧盟、日本等国的官方注册检查，使企业获得进口国的准入许可。
北京出入境检验检疫局不断强化服务意识，充分利用自身在信息、技术和人才方面的优势，主动为外贸企业提供国外最新的检验检疫标准、技术要求等方面的信息，加强检验检疫技术研究，为企业提供多方位的服务和支持，促进企业扩大出口。在工作中采取方便企业的措施，坚持特事特办、急事急办等做法；进一步简化报检手续，提高办事效率；积极推进电子政务建设，开展网上办公和政务信息发布；加强与重点进出口企业的联系，全力支持首都重点生产企业和“拳头”产品出口。与此同时，北京检验检疫局还努力加强党风廉政建设，坚持政务公开，自觉接受企业和舆论监督，树立良好的执法形象。
经济全球化带动了世界经济的飞速发展，中国加入世界贸易组织促进了对外贸易和对外交往不断增加。进入二十一世纪，面对国际间传染病疫情、动植物疫情的严峻威胁，面对消费者关注进出口商品质量和安全、卫生的迫切要求，出入境检验检疫已经成为国家经济发展和对外交流的重要保障力量，必将在维护国家经济利益、保证工农业生产安全、保护消费者权益方面发挥更为重要的作用。
