1.关于财政拨款。
（1）鉴于不同纳税主体性质的差异，需要区别不同纳税主体，如一般企业与非企业单位，进行分别管理。由于《新企业所得税法》是以法人为标准确定纳税主体，因此其适用范围除了一般法人企业外，还包括可能取得应税收入的事业单位、社会团体、民办非企业单位等法人单位。在上述纳税主体中，以事业单位为例，其主要职能是政府相关职能的一种延伸，它参与社会事务管理，履行管理和服务职能，宗旨是为社会提供服务，主要从事教育、科技、文化、卫生等活动，因此国家一般都会对事业单位予以经常性的财政补助，以保障事业单位履行相关职能。而作为以营利为目的的一般法人企业，所取得财政补助往往是个别的、短期的，取得财政补助的动机往往并非局限于公益性或非营利性，可能还具有一定的营利性，这样一般法人企业更易出现骗取财政补助、不按规定用途使用财政补助及虚列财政补助的情形，因此有必要区分上述两类纳税主体，特别应加强对一般法人企业不征税收入的确认管理。
（2）为防止地方不当减少中央收入，需要区分中央和地方不同级别的财政拨款。按目前分税制改革要求，我国中央和地方政府按照事权划分确定各自财政支出的范围。而目前一方面由于我国预算管理不完善，地方事权和财权分配比例不合理；另一方面，地方政府出于当地经济发展的需要，盲目、随意甚至与企业方通谋进行财政拨款，或者将一般采购支出以财政拨款形式支付给企业，极易造成中央税收收入的流失。因此必须加强对企业取得地方政府财政拨款不征税收入的管理。
针对上述问题，我国现行已有一些相关规定，比如，财政部、国家税务总局1995年8月发布的《关于企业补贴收入征税等问题的通知》第一条规定：“企业取得国家财政性补贴和其他补贴收入，除国务院、财政部和国家税务总局规定不计入损益者外，应一律并入实际收到该补贴收入年度的应纳税所得额。”此外，还有其他关于企业取得补贴收入征免税政策的规定，主要针对特殊企业及特殊补贴收入。
国家税务总局1999年4月发布的关于印发《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》的通知第三条，对包括财政拨款在内的免征企业所得税的收入项目作了详细规定。在第四条又详细规定了征税机关确认财政拨款的条件，即须提供财政部门或上级拨款部门出具的拨款证明。
这些规定所规范的内容都是合理的，但不够全面。笔者认为，在新《企业所得税法》实施条例中对财政拨款应作如下规定：区分一般法人企业和事业单位、社会团体、民办非企业单位企业，对前者取得财政拨款确认为不征税收入，应当较后者要求更严格的条件。比如必须经国家财税主管部门批准，以加强对财政拨款课税的控制，防止地方政府不当减少中央收入。而后者只须向征税机关提供财政部门或上级拨款部门出具的拨款证明即可。当然，有关地方政府财政拨款问题，尚需完善预算管理体制才能从根源上加以解决，《企业所得税法》只能辅助性地解决相关问题。
2.关于行政事业性收费、政府性基金。
按照新《企业所得税法》规定，“依法收取并纳入财政管理”的行政事业性收费，就可以作为不征税收入的限定条件，这是不够的。
我国现行规范行政事业性收费、政府性基金的法规包括：财政部、国家发改委发布的《行政事业性收费项目审批管理暂行办法》、财政部发布的《关于加强政府性基金管理问题的通知》、《国务院关于加强预算外资金管理的决定》、《中共中央、国务院关于治理向企业乱收费、乱罚款和各种摊派等问题的决定》等。其中，关于行政事业性收费项目的审批管理权限实行中央和省两级审批制度，即中央单位申请的收费项目设立，由国务院财政部门会同计划（物价）部门批准，重要的收费项目报请国务院批准。省级或省以下单位申请的收费项目设立，由省级政府财政部门会同计划（物价）部门批准，重要收费项目报请省级政府批准。设立政府性基金项目应当报财政部审批，重要的政府性基金项目，由财政部报请国务院审批。
另外有关文件还规定，经国务院及财政部批准设立和收取并纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的政府性基金、资金、附加收入等，经国务院、省级政府（不包括计划单列市）批准并纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的行政事业性收费，为免企业所得税项目。对这些免税项目，纳税人必须提供行政事业性收费、政府性基金设立和收取的批准文件、纳入财政预算管理或财政预算外资金专户管理的证明文件、入库凭证或缴款证明等。
这些规定有效地规范了行政事业性收费、政府性基金运行，但由于我国目前行政事业性收费管理，特别是地方行政事业性收费管理还不十分规范，比如各种收费项目设立的随意性比较大，如果行政事业性收费仅符合“依法收取并纳入财政管理”的条件，就可以作为不征税收入，一些不合规的行政事业性收费可能就会混水摸鱼，逃掉税收。因此，在新《企业所得税法》实施条例中，应当将“依法收取并纳入财政管理”中的“依法”这一限定条件具体化，明确规定：行政事业性收费，中央单位申请的项目依据重要性的不同，必须分别由国务院或财政部会同国家发展改革委审批；省级单位或省以下单位申请的项目依据重要性的不同，必须分别由省级人民政府或其财政、价格主管部门批准。政府性基金，依据重要性的不同，必须分别由国务院或财政部批准。同时规定，只有在纳税人提供相关项目设立和收取的批准文件、证明文件、入库凭证或缴款证明等资料后，征税机关方可确认相关不征税收入。
3.关于国务院规定的其他不征税收入。
国务院规定的其他不征税收入，是一个授权性的规定，即授权国务院根据我国的实际情况，制定出除符合条件的财政拨款、行政事业性收费及政府性基金之外的其他不征税收入。
至于应该规定哪些是其他不征税收入，笔者认为，这些收入首先必须具备与上述财政拨款、行政事业性收费及政府性基金相同或类似的特性。其次，这些收入必须能为企业或其他企业所得税纳税主体所取得。因此，可依据财政部《关于加强政府非税收入管理的通知》的规定，根据具体特性，补充规定国有资源有偿使用收入、国有资产有偿使用收入、国有资本经营收益、彩票公益金、罚没收入、以政府名义接受的捐赠收入、主管部门集中收入以及政府财政资金产生的利息收入等，全部或其中若干项为不征税收入。因为这些政府非税收入，同样可为事业单位、代行政府职能的社会团体及其他组织依法取得，同时也可以依据可税性原理及相关财政理论而确定为不征税收入。
4.不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除。用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。
