资源与环境信息系统国家重点实验室与多个科研机构组建了联合实验室（Joint Laboratories），建立了密切的合作关系，包括：
1、地球信息科学联合实验室：与香港中文大学、中国科学院遥感应用研究所联合建立，合作开展地球空间信息技术与应用研究。
2、环境信息与技术联合研究中心：与美国东密执根大学联合建立，合作开展地理信息系统国际化教育和人才培养。
3、城市地理信息系统联合实验室：与华东师范大学、南京师范大学联合建立，合作开展城市地理信息系统研究。
4、地理信息系统软件技术联合实验室：与浙江大学、山东科技大学联合建立，合作开展地理信息系统平台和空间数据库管理技术研究。
5、海洋地理信息系统联合实验室：与中国科学院海洋研究所联合建立，合作开展海洋与海岸带地理信息系统应用研究。
依托资源与环境信息系统国家重点实验室的中国科学院非法人单位（Affiliated Non-Corporate Organizations）包括：
1、中国科学院资源环境科学数据中心（Data Center for Resources and Environmental Sciences, CAS）；
2、中国科学院地理信息产业发展中心（Geographic Information Industry Development Center, CAS）；
3、国家重大基础研究计划资源环境领域项目数据汇交管理中心（Data Archiving Center for Resource and Environment Projects of 973 Program, MOST）；
挂靠在资源与环境信息系统国家重点实验室的学术机构（Affiliated Academic Organizations）包括：
1、国家遥感中心地理信息系统部；
2、中国地理信息系统协会理论与方法专业委员会；
3、中国地理学会地图学与地理信息系统专业委员会；
4、中国自然资源学会自然资源信息系统专业委员会；
5、国际地理空间开源基金会中国中心；
6、国际地圈生物圈计划中国全国委员会（CNC-IGBP）RS/DIS工作组；
7、世界数据中心（WDC）可再生资源与环境学科中心。
