1986年，梅内德斯创立私人军队在阿富汗作战，并与列夫·克拉夫琴科（Lev Kravchenko）进行合作。同年，梅内德斯再次给安哥拉人民解放运动（Movimento Popular de Libertacao de Angola，简称MPLA）提供武装支援。同年7月6日，美国中情局特工阿历克斯·梅森（Alex Mason）和杰森·哈德森（Jason Hunson）在安哥拉援救战友弗兰克·伍兹（Frank Woods）。伍兹当时正被梅内德斯关押，还曾目睹自己部下被梅内德斯杀害。梅森在救下伍兹后，闯入一间小屋准备用无线电呼救，结果发现正在与克拉夫琴科通信的梅内德斯。梅内德斯随即毁掉了通信设备，谈话间几名古巴军人闯入，梅森便将梅内德斯挟为人质。正当梅森与古巴军人对峙时，梅内德斯趁其不备拉开了一枚手雷扔在地上。混乱之间，梅内德斯摆脱了挟持，手持匕首袭击梅森，躲过一劫的梅森随即将手枪对准其头部，梅内德斯用手回挡使子弹仅打中自己右眼，从此永久毁容。梅森等人则顺利逃走。同年9月25日，美国中情局派梅森、伍兹、哈德森与巴拿马领导人曼纽尔·诺列加（Manuel Noriega）合作，搜查梅内德斯位于尼加拉瓜的贩毒集团。巴拿马政府军将梅内德斯从别墅中捉了出来，并纵火烧了他的庄园。但诺列加并没有杀死梅内德斯。为了救助仍留在别墅里的妹妹，梅内德斯一路杀回庄园，正当他冲上二楼走廊准备进卧室救助约瑟芬娜时，被突然出现的哈德森拦住，随后伍兹出现在走廊对面，愤怒的伍兹一看到仇人梅内德斯便举枪射击，但被梅森阻止，伍兹又迅即扔出一枚手雷，上前阻止的梅森意外改变了手雷的方向，结果抛出去的手雷经过墙壁反弹进了约瑟芬娜的房间并爆炸，就这样梅内德斯唯一的亲人也离开了他。梅内德斯则在这场爆炸中成功逃脱。
几年后，美国情报部门发现诺列加与逃走的梅内德斯暗中有所往来，于是再次派遣梅森、伍兹、哈德森前往缉拿。1989年，美国入侵巴拿马，梅森等人在美军的掩护下顺利抓住了诺列加。同一时期，梅内德斯绑架了哈德森的孩子，为此哈德森叛变。哈德森传了假消息给伍兹，让伍兹带着诺列加去交换梅内德斯，手持狙击步枪的伍兹将戴有黑头套的目标人物误当作了梅内德斯，愤怒的伍兹果断开枪射向了目标人物（游戏中可选择击杀或击伤，产生两个不同结局）。然而诺列加的诡异表情让伍兹十分疑惑，待伍兹揭开目标人物的黑头套时才发现原来此人是战友梅森，这一切都是梅内德斯的阴谋。梅内德斯出于报复，将伍兹双腿打断，并把梅森的儿子大卫·梅森（David Mason）一同绑来，当着伍兹的面残忍地杀害了背叛者哈德森。梅内德斯故意让伍兹和年幼的大卫活着，让残疾的伍兹后半生背负上自己亲手杀死战友的过失和痛苦，在需要的的时候，他随时会来复仇。 1、大卫在抓获梅内德斯后，梅内德斯强烈要求将自己杀死，玩家这时候可以选择击毙梅内德斯。击毙后，梅内德斯死前一段煽动“唤心之日”起义的视频被传到了youtube上，引发了世界范围内数十亿支持梅内德斯的人暴动，全世界的治安秩序处于瘫痪状态，无法控制事态，并导致白宫最后被焚烧。（有个小细节，但主角出去时可以看到一位男孩抱着自己的妹妹向军人求救，似乎和梅内德斯过去小时候相似）
2、在抓获梅内德斯后，玩家选择不杀死梅内德斯，将梅内德斯押到监狱。如果克洛伊·林奇（卡玛）已经死亡（未能成功救出卡玛、在奥巴马号上被射杀、奥巴马号沉没，满足以上任何一个都会直接导致卡玛的死亡），梅内德斯的会释放蠕虫病毒瘫痪监狱的系统越狱，然后找到伍兹，用何塞菲娜的吊坠杀死伍兹报仇。梅内德斯之后到墓地祭拜自己的妹妹（看到梅内德斯的着装，还有胡子，还有旁边的景物，应该是南美。似乎他越狱已经很长时间，辗转回到了南美。并非是杀死伍兹之后就去墓地），然后打开墓穴自焚，与妹妹陪葬（值得一说的是，无论玩家之前的选择如何，只要梅内德斯越狱，都会选择这种方式结束自己的生命）。
3、在抓获梅内德斯后，玩家选择不杀死梅内德斯，将梅内德斯押到监狱。如果玩家在之前的剧情中卡玛成功存活，梅内德斯的程序被破解，越狱失败。当他看到卡玛在电视上嘲笑自己的时候愤怒的用头撞碎电视。
黑色行动2是多结局游戏，作为最终的BOSS，梅内德斯的官方结局也让玩家各种猜测。在2015年东京电玩展上，T组放出了一部时长约10分钟，贯穿整个黑色行动系列游戏的时光轴视频，视频最后一幕，梅内德斯在2015年6月19日准备用偷来的美军士兵服装逃出自己的基地时被击毙，这一幕正是玩家选择是否杀死梅内德斯的选择分支里的一个选项。所以，小梅森最后还是选择了扣动扳机杀死了梅内德斯，以上3个结局中，第1个结局才是官方所承认的结局。 只不过视频中有一点小瑕疵，所引用的梅内德斯图片是他谋杀伍兹之后才会出现的CG图片，这可能是制作组的疏忽所致。
在黑色行动2游戏的最后，在结局的演唱会彩蛋中，梅内德斯作为乐队吉他手登场。一开始被两名乐队指挥狠狠调教了一顿，算是付清了在游戏正篇中的恶债。（乐队为Avenged Sevenfold）
黑色行动3中，梅内德斯没有出现，只是在剧情中被提到过。
