种子是传播西瓜病害的重要途径之一，多种病害都可通过种子带菌进行传播为害。因此，为控制和预防病害通过种子传染，在播种前需对种子进行消毒处理，主要方法有以下几种：
（1）药剂处理
2%～4%漂白粉溶液浸泡半小时，捞出后用清水冲洗干净，可杀死种子表面的细菌；50%多菌灵500倍药液浸种1小时，清水冲洗，可防止炭疽病等真菌病害；10%磷酸三钠溶液浸泡西瓜种子20分钟，用水清洗干净，可钝化病毒活性，对防治西瓜花叶病毒有一定效果；40%福尔马林150倍液浸种30分钟，可预防枯萎病和蔓枯病。
（2）高温烫种
在两个容器内分别装入等量的冷水和开水，水量为准备处理种子量的3倍左右，先将种子倒入开水中，迅速搅拌3～5秒钟，然后立即倒入另一容器内的冷水并不断搅拌使水温降至30℃左右，再在室温下浸种3～4小时，可杀死种子表面的病原菌。烫种时速度要快，时间不能太长，以免影响种子发芽率。
（3）温烫浸种
将西瓜种子放入55℃的温水（2份开水对1份凉水）中，不断搅拌15分钟，自然冷却降温后，浸种4～6小时。55℃为病菌的致死温度，温烫浸种后，可基本上杀死种子表面的病菌，也可钝化西瓜花叶病毒。
（4）强光晒种
选择晴朗无风的天气，将种子摊在席或纸等物体上，厚度不超过1厘米，在阳光下暴晒，每隔2小时左右翻动1次，使其受光均匀。晒种时不要放在水泥板、铁板或石头等物体上，以免把种子烫伤而影响发芽率。晒种除有一定的杀菌作用外，还可促进种子后熟，增强种子的活力，提高种子的发芽势和发芽率。
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