全面深化改革要处理好这些重大关系：解放思想和实事求是的关系、整体推进和重点突破的关系、全局和局部的关系、顶层设计和摸着石头过河的关系、胆子要大和步子要稳的关系、改革发展和稳定的关系。
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第一，处理好解放思想与实事求是的关系。 改革开放的过程，就是解放思想的过程。解放思想不是脱离国情的异想天开，也不是闭门造车的主观想象，更不是毫无章法的莽撞蛮干。解放思想的目的在于更好地实事求是。
第二，处理好整体推进和重点突破的关系。 整体推进又不是平均用力、齐头并进，而是要注重抓主要矛盾和矛盾的主要方面，注重抓重要领域和关键环节。以这些重要领域和关键环节为突破口，可以对全面改革起到牵引和推动作用。
第三，处理好全局和局部的关系。局部与全局相互依存，没有局部就无所谓全局，没有全局局部也不可能存在，既不能以局部代替全局，也不能以全局代替局部。全面深化改革是立足国家整体利益、根本利益、长远利益进行部署的，目的是要达到一加一大于二的效果，产生乘数效应，防止局部利益相互掣肘、相互抵消。
在全面深化改革过程中，每一项改革既要考虑局部的具体情况，更要从大局出发，从全局上来统筹谋划。要避免“只见树木，不见森林”，防止局部和眼前合理却不利于全局和长远的情况发生。
第四，处理好顶层设计和摸着石头过河的关系。 摸着石头过河就是寻找规律，从实践中获得真知，是实践、认识、再实践、再认识。坚持边实践边总结，积累经验后逐步推开，出现问题就及时应对，发现错误就马上纠正，不断从实践中取得规律性认识。回顾我国改革开放的历程，摸着石头过河是具有中国特色、符合中国国情的改革方法，也符合马克思主义认识论和实践论的方法。
同时，随着改革不断推进，必须加强顶层设计和总体规划，提高改革决策的科学性、增强改革措施的协调性。 摸着石头过河和顶层设计是辩证统一的，推进局部的阶段性改革开放要在加强顶层设计的前提下进行，加强顶层设计要在推进局部的阶段性改革开放的基础上来谋划。
第五，处理好胆子要大和步子要稳的关系。坚持胆子要大、步子要稳，战略上要勇于进取，战术上要稳扎稳打。第一位的是拿出全面深化改革的勇气，搞改革不可能都是四平八稳、没有任何风险。只要是经过了充分论证和评估，只要是符合实际、必须做的，该干的要大胆地干。
同时，也要看到，胆子大不是蛮干，必须稳妥审慎，三思而后行。对一些重大改革，不可能毕其功于一役，要稳扎稳打，积小胜为大胜。对改革进程中已经出现和可能出现的问题和困难，要一个一个解决和克服，既敢出招又善于应招，做到蹄疾而步稳。
第六，处理好改革、发展、稳定的关系。 要把改革力度、发展速度和社会可承受程度统一起来，把改善人民生活作为正确处理改革、发展、稳定关系的重要结合点，在保持社会稳定中推进改革和发展，通过改革发展促进社会稳定。
参考资料来源：百度百科-全面深化改革