水冷较风冷稳定，但是初投资较高，风冷在北方容易结霜，影响工作效率。
冷跟水冷的差别在外观上是有明显差别的，风冷式的外观有风冷入口，比水冷大很多和能看过滤视窗，水冷则只有排风视窗，在制冷原理上也有不一样，一个是通过吸收外界风并且降温传到室内，水冷则是用谁冷却，用室内空气回圈制冷，传输的介质也是不一样的，风冷需要大的空气传输管道，水冷则不需要那么大的管道铺设。风冷可以传输更远，水冷则稍微要比风冷传输的区域小多了，但是效果要比风冷的好。
水冷却实质上是在风冷却的基础上再加上水冷却。它带有散热器（水箱）、节温器、水泵、水管等。散热器后面装有风扇强制通风冷却，整个水冷却系统与汽车冷却系统差不多。冷却水在水泵的驱动下不断回圈，经过散热器降温，在节温器阀控制下（控制水温在80度左右）通过气缸体水套吸热再回到散热器，从而达到冷却目的。水冷却多用在250毫升以上大排量摩托车上，但近年有些125毫升摩托车也采用水冷却方式。
两者比较，水冷却的效果要好得多，冷却均匀，不会受到外界环境影响，可以提高发动机的负载。但因为构造复杂成本较高，出故障的机会也多，而且由于有风扇、水泵等耗能装置，发动机功率损耗大。风冷却的摩托车构造简单成本较低，发动机功率利用率高，维护方便。但缺点也不少，冷却面不均匀，受外界环境影响大。例如在夏天，如果马路堵塞开开停停缓慢行驶，长时间低速和怠速执行气缸就会过热，容易爆燃产生不正常的燃烧，功率下降，噪音增大。但是这些问题的产生是可以人为避免的。
当然是水冷最好，不过水冷有一个坏处，就是水冷管外表因温差问题容易结成水珠，导致结出的水珠滴到主机板上，存在一个不稳定的危险因素~
主要看装置的功率，若功率不大，可以采用风冷，若功率较大，建议还是水冷，毕竟水冷的制冷效果比风冷的好。
水冷好，必须的，但水冷占空间。
风冷和水冷各有各的优点和缺点。
风冷就是安装和维护相比水冷会方便很多，另外，风冷的优势在于空载，会比水冷低点，但是在高发热的情况下会比水冷要查荤多，而且噪音也会较水冷大。
水冷的安装就很复杂了，而且需要定期维护，清洗，换水，而且对机箱的要求很高。但是水冷的优势会很明显，举个例子，水冷做得好的话可以把加压超频的电老虎480压制在50度一下。由于水冷是一整套系统，会把很多发热部件连线到一起，所以就导致空载不如风冷。同时那些水冷部件的价格都不菲，那些好的水冷配件加在一起甚至会超过一台主机的价格。
个人觉得水冷吧
水冷的好，散热效果更好。
一直以来的结构主要还是风冷，因为这才符合摩托车的方便、轻便的定位。但有一部分也定位为重机车型号，功率很大，风冷有点力不从心，所以用水冷。
没有谁好谁坏，看排量和使用，轻型小排量的，最好风冷，结构简单效能稳定。像三轮三之类的，最好水冷，因为它己经不符合自然风冷的要求了。
相对而言，EK的风冷热泵更靠谱一些，毕竟其沿袭的是深圳麦克维尔的一套产品技术。
顿汉布什也在这类产品里面经营了很多年，尤其是水冷螺杆产品上面，只是其在国内的市场推广方面一直不愠不火，自身产品技术发展上面也看不到太多的亮点。