1、斜面传代保藏法。此法是把菌种接种到所需要的斜面培养基上，在最适温度下培养，长出丰满的菌体细胞或孢子后，置于4℃冰箱或冷库保藏。此法方法简单，存活率高，适用于各类菌株的保藏。但保藏时间不长，需定期传代，传代过程中易退化污染，只适用于短期保藏。
2、甘油管冷冻保藏法。甘油管保藏法是将富集培养后的菌液与已灭好的甘油充分混合，使终浓度控制在20-30%之间，分装至甘油管中，最后置于-70℃冰箱或液氮罐保藏。此法相比斜面传代保藏时间更长，温度越低，保藏时间越久。
3、
液体石蜡保藏法。液体石蜡保藏是在斜面培养或穿刺培养上加一层液体石蜡，液体石蜡可以防止失水干燥，隔绝空气，降低菌种细胞代谢速率。此法更适用于细菌和
酵母菌。
4、沙土管保藏法。沙土管保藏法是把微生物附着在砂质载体上，目的是为了将微生物赖以生存的水分蒸发掉，使细胞处于休眠和代谢停滞状态，从而达到较长保藏的目的。此法适用于霉菌和放线菌。
5、
真空冷冻干燥保藏法。该法集中了菌种保藏中低温、缺氧、干燥和添加保护剂等多种有利条件，使微生物的代谢处于相对静止状态。同时该法可用于细菌、放线菌、丝状真菌、酵母菌及病毒的保藏。因而具有保藏菌种范围广、时间长（10-20年）、存活率高等特点，是目前最有效的菌株保藏方法之一。