⒈热带亚热带森林植物系统分类学研究
在现有夹竹桃科、萝摩科、马钱科、番荔枝科、大戟科、梧桐科、蜡梅科等植物分类研究优势条件下，针对国际上有关植物系统学方面的研究热点问题，应用植物解剖学和分子生物学技术，以夹竹桃科、萝摩科、大戟科、番荔枝科、樟科和杜鹃花科等中国热带亚热带森林植物类群为重点研究对象，开展植物系统进化及繁育生物学研究。
⒉热带亚热带森林生态系统服务及保护生态学研究
紧密结合华南地区林业生态建设实际，开展森林植物生态学、森林生态系统服务功能及其机理、天然林、人工林及珍稀植物保护生态学的研究。本方向重点开展以下几个方面的研究：
（1）热带亚热带地区稀有植物种群动态和种群的遗传多样性研究；
（2）地带性森林生态系统生物多样性机制研究；
（3）森林生态系统碳储量和碳通量研究；
（4）森林植物在环境修复中的作用和机理；
（5）森林生态系统养分循环。
⒊重要林业经济植物结构与生殖生物学研究
以热带亚热带植物为主要研究对象，紧密结合林业生产中的个体发育问题，应用现代电子显微分析手段，开展重要经济植物结构与生殖生物学研究。重点研究方向包括：
（1）松柏类植物的分泌结构及其次生代谢物质的形成关系；
（2）松柏类植物大、小孢子发生和发育特征研究；
（3）重要南药药用部位结构发育及其有效成分分布和积累动态研究。
⒋林草逆境生理及抗逆基因工程研究
以热带亚热带林草类植物为主要研究对象，紧密结合林业生产、林地水土保持和城乡绿化中草类应用的实际问题，应用现代生物技术手段和植物生理和生物化学等方法，研究林、草逆境生理及抗逆基因工程。重点研究方向有：
（1）草类植物抗旱、抗寒生理及分子机理研究；
（2）草类植物抗逆生物技术与育种；
（3）植物有机酸代谢及调控的分子机理研究。
⒌速生树种遗传改良研究
结合商品林生长的需要，广泛收集国内外优良种质资源，在建立种子园和优树的无性繁殖研究的基础上，应用现代分子生物学技术开展速生树种遗传特性及其基因定位研究，为速生树种的遗传改良提出科学依据。重点研究方向有：
（1）松类树种多世代轮回选择及其遗传多样性研究。
（2）林木性状改良的分子生物学机制研究。
（3）木质纤维生物质基因组学和生物能源研究。
