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如何从众多go生物学分析中选取出需要的生物过程
如题所述
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第1个回答 2019-08-07
1
如果肯下功夫,可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化,所用的R包可以是GOSim(GO分析),或者clusterprofiler(GO&KEGG)
2
cytoscape
的插件cluego可以傻瓜式实现通路的图片展示,可以用来直接发文章(低分的至少可以)
3
关于GO和KEGG数据的获得,上DAVID就好
相似回答
GO
富集
分析中
BP是什么意思
答:
在GO富集分析中,BP注重寻找在疾病和实验条件下与生物过程相关的基因或蛋白质。
这些生物过程可以包括细胞周期、细胞死亡、免疫反应等
。根据已有的基因组学数据,GO富集分析通过对所有基因和蛋白质进行分类,并进行统计学分析,进而确定哪些生物过程与特定疾病或实验条件紧密相关。总之,在生命科学领域中,BP是...
GO
富集
分析
四种风格展示结果—柱形图,气泡图
答:
GO
富集
分析
通常分为三个层次:
生物过程
(BP)、分子功能(MF)和细胞成分(CC)。四种展示方式分别为:1. **气泡图分三个框**:此图将BP、MF和CC的富集分析结果分别置于三个独立的气泡框中,气泡大小代表富集倍数(Fold Enrichment),使读者一目了然各部分的富集情况。2. **柱形图分三个框**:...
小众或非模式
生物
的自建库
GO
/KEGG富集
分析
答:
针对小众或非模式生物进行
GO
/KEGG富集
分析的
需求,本文提出了一种自建数据库的解决方案。首先,小众物种在官方支持的数据库中受限,如GO仅支持19个物种,KEGG虽种类较多,但也不能覆盖所有生物种群。因此,对于研究非主流物种的科学家,自建数据库变得至关重要。准备工作包括获取目标物种的基因组和蛋白质组...
GO
数据库使用大全!不收藏就亏了! | 转录调控专题
答:
GO注释是基因产物的详细解读,为每个功能术语提供证据支持,揭示其在正常生物过程中的角色
。GO的文件格式包括扁平化、XML和MySQL,可通过FTP获取,方便分析。此外,基因集富集分析是GO应用的核心,旨在揭示基因集在特定功能中的显著性。想深入了解,可以借助如GOC网站的工具,通过PANTHER分类系统,快速关联基因...
生信学习第3天-3
答:
在生信学习的第三天,我们将探讨多基因
GO
和KEGG富集
分析
的重要工具。首先,DAVID数据库是一个实用的资源,它为大规模基因或蛋白列表提供了详尽的生物功能注释,帮助研究人员挖掘有价值的信息。这个数据库主要应用于差异基因的功能和途径分析,它通过统计方法找出显著
的生物学
注释关联到输入基因列表。GO(基因...
go
富集
分析
是什么意思
答:
基因本体论富集
分析
(Gene 0ntology Enrichment Analysis) : 这是最常用的富集分析类型,用于验基因集合中基因本体论(
GO
)目的富集情况。这可以帮助研究者了解基因集合中的基因在
生物学过程
、分子功能和细胞组成方面的共同特征。角路昌集分析 (Patwav Enrchment Analvss) :这种类型的富集分析主要关注基因在...
go
富集和kegg富集区别
答:
1. 对于
GO
(Gene Ontology)富集和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集,两者都是生物信息学中常用的功能注释方法,旨在理解基因集在
生物过程中
的作用。2. GO富集
分析
关注于基因在生物过程中的功能、参与
的生物
途径以及细胞中的定位,并对基因产物进行标准化描述和简单注释。这种分析允许...
GEO数据
分析
——
GO
基因通路富集
答:
GO
功能富集
分析
是基于GO数据库进行的,该数据库通过比较调控过程中差异基因在细胞组分、分子功能和
生物过程
三个层次上的分布,来确定其是否显著聚集。在GO数据库中,基因被分类为细胞组成、分子功能和生物过程三大类别。进行分析时,会对比给定基因集与整个基因组的基因分布,通过超几何分布或Fisher精确检验等...
生物
信息
学中GO
是什么意思
答:
GO
是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、
生物学过程
(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义;下面有个详细介绍,你可以参考下。http://www.bbioo.com/lifesciences/40-114604-1.html ...
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