银杏叶的的副作用较少，但偶尔可出现头晕、头痛、关节痛、恶心、呕吐、腹泻、胃部不适、食欲减退、口渴等不良反应。长程使用可能会出现痤疮、失眠、月经紊乱等不适。
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极个别人群在使用银杏叶或银杏叶制剂后可出过敏性皮疹症状，出现剥落性皮炎等过敏反应。
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杏内含有大量的银杏酸，银杏酸是含有毒性的。银杏叶中含有多种酚酸类物质，对人体的神经能够起到麻痹作用，人体内的酚酸达到一定标准，会引起肌肉抽搐、皮肤过敏、呼吸困难、阵发性痉挛等中毒症状，严重的可导致肝肾损害。
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很多人喜欢用银杏叶泡水来保健养生，其实未经加工的银杏叶含有有毒成分，如其中的白果酸、氯氰酸、组胺等，这些对人体有害的物质水溶性较高，若服用的剂量过大或者服用时间比较长，会引起头昏、头疼、耳鸣、食欲不振、恶心等不良反应。