虎林市教育局内部设有多个关键部门，分工明确，协同推进教育事业的发展。
负责制定教育中长期规划，进行政策调研，协调政务事务，起草教育计划和报告，组织会议及信息传递，处理文秘、档案、保密等工作，负责机关接待和后勤管理。
指导人事工作，管理机关和直属单位的人事编制，负责教师招录、劳动工资、奖励、队伍建设、职称评审、教师培训和师德建设，以及计划生育工作。
制定教育工程计划，筹集和管理教育经费，负责审计、基本建设、资产管理，以及教育信息统计和分析。
负责教育宏观管理，参与制定教育发展规划，指导各类教育实施，负责教育教学质量监测、综合素质评价，以及教材管理和语言文字工作。
负责学校安全综合管理，指导安全教育，参与贫困学生资助，落实助学政策，发放生源地贷款和助学资金。
代表市政府进行教育督导，监督教育法规执行，组织全市教育评估，对各级各类学校进行办学方向和教育质量的督导。