玉林市教育局内设机构包括秘书科、人事科、计财基建科、基础教育科、成人教育与职业教育科、督导室、监察室以及语言文字工作科。
秘书科主要负责综合协调重要政务、会议组织、信息收集、文件起草及文秘、档案、保密、信访、保卫等工作，同时承担教育内部纪检、监察职责。
人事科负责机关和直属单位的机构编制、干部人事、教师队伍建设、职称改革、退休人员管理、领导干部培养选拔等工作，以及教师培训和师资培养计划的制定和实施。
计财基建科负责全市教育规划、经费统计、资产管理、基建投资以及教育后勤和勤工俭学工作的指导，确保教育资源的有效利用。
基础教育科负责全市基础教育指导、教育教学改革、教材管理、德育和艺术教育等工作，同时对地方教育进行督导评估。
成人教育与职业教育科负责普通和成人职业教育的统筹管理，包括学校设置、教学指导、评估和职业证书考试等。
督导室主要承担教育宏观管理和行政监督，确保教育方针政策的执行和教育目标的实现。
监察室则专注于党风廉政建设、案件查处、责任制执行和源头治理等工作，保障教育系统纪律的严肃性。
最后，语言文字工作科负责语言文字工作的规划、推广、规范化、培训以及市语言文字工作委员会的日常工作。