根据上述职责，市住房和城乡建设局设11个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、安全、保密、新闻宣传、信访、督办、政务公开等工作；起草重要文稿；指导和协调电子政务工作；负责机关计划生育、工会、妇女和后勤服务工作。
（二）法规科
组织研究重大的综合性政策问题；拟订住房和城乡建设法制工作计划；承担有关规范性文件的合法性审核工作；负责机关行政处罚案件的审核，组织开展案件听证工作；承担行政执法监督、行政复议和行政应诉工作；负责行政许可实施的监督和评估；负责人大议案与政协提案的协调办理；负责机关普法教育和法律宣传工作；指导建设系统的普法教育和法律宣传工作。
（三）房地产业科
拟订住房和房地产管理政策并监督实施；提出住房和房地产产业发展规划和产业政策；会同有关部门编制住房建设规划和年度计划并指导、监督实施；负责房地产行业管理和房地产开发经营活动的监督管理；负责房地产开发企业资质管理；负责商品房预售管理。
（四）产权管理科
负责房地产权登记、发证及产籍档案管理工作；负责落实房屋政策；负责调处市区房屋权属纠纷，查处违法违规房产交易行为；负责房地产测绘、交易、评估、抵押的管理工作；负责市区房屋租赁管理，办理房屋租赁登记备案手续；负责市区直管公房租赁、交换、处置的审批。
（五）住房保障和物业管理科
制订经济适用房和廉租房建设规划及实施办法，开展市区住房困难户、无房户情况调查，制定廉租房租用条件及经济适用房购买条件并组织实施；指导县（市、区）住房保障的工作；指导全市城镇住房制度改革与住房发展工作；负责物业服务的行业管理；负责物业服务企业的资质管理，监督和指导全市物业服务工作；负责市区物业维修资金的监督管理。
（六）房屋拆迁和安全鉴定科
组织编制市区房屋拆迁、危房改造规划和年度计划，并组织实施；负责对市区房屋拆迁单位资格审查，核发房屋拆迁许可证；负责审查和公布市区房屋拆迁公告；负责对市区房屋拆迁安置补偿纠纷进行裁决；负责市区房屋安全鉴定、危房改造管理工作；负责全市房屋安全鉴定监管工作。
（七）城乡建设科
依法承担省级风景名胜区的审核报批和监督管理；拟订村镇建设的政策并监督实施，指导村镇建设和农村住房建设，指导小城镇和村庄人居环境的改善工作，指导宜居城乡建设工作；跟踪协调市重点建设项目的有关工作。
（八）建筑管理科（清远市工程竣工验收备案办公室）
拟订建筑业发展规划、管理规定和政策并监督执行；负责建筑市场管理；负责建筑业企业、监理单位、检测单位、工程招标代理机构、工程造价咨询机构的管理和资质标准的执行；负责工程担保和工程保险管理；负责建筑行业执业注册人员和建筑业从业人员的管理；负责工程质量安全管理；组织或参与工程质量安全事故的调查和处理；负责工程施工许可证管理；指导建设工程造价管理；负责工程竣工验收备案。
（九）科技设计科
负责全市建设工程设计行业管理、工程技术和建筑节能管理；负责对全市大、中型建设项目初步设计审查；负责勘察设计咨询业的资质审核；指导协调制定行业的科技发展规划和技术经济政策，组织协调行业的重大科技攻关，指导、协调重大技术引进和技术改造立项；负责新工艺、新设备、新材料、新技术的推广和应用。
（十）财务科
指导住房和城乡建设系统行业信息统计工作；负责机关各项资金、国有资产的管理、使用和财务工作；承担机关及直属事业单位行政事业性收费项目的立项、申报和管理工作，指导直属事业单位财务监督管理和审计工作；负责机关债权债务关系的处理。
（十一）人事科
负责机关和指导直属单位人事管理、劳动工资、离退休人员服务、扶贫、关工委、党务、外事、内保、专业技术职务评聘、政治思想、职业道德教育、党风廉政建设等工作。指导全市住房和城乡建设系统精神文明建设工作。
