吕运亨加入“大韩民国临时政府”还不足一年，就闹出了一件大事，就是韩国历史上轰动一时的“吕运亨渡日事件”。
事情的经过是这样的：在上海的“大韩民国临时政府”，采用爆炸、投毒等恐怖手段，多次在日本、朝鲜及上海租界区制造针对日本人的暗杀行动，日本政府对此类防不胜防的行动感到很头疼。虽然也多次以武力镇压打击，可是没有什么效果，抓了一批人还有一批人。于是，日本的拓殖长官古贺廉造想改变一下对策，采用“收买怀柔”的办法，通过中间人放出口风，要求与“韩国临时政府”谈判。“韩国临时政府”的主要成员，大多数对此不屑一顾，认为不需要理会日本人的谈判，应继续以暗杀行动与日本人对抗。可是吕运亨却认为有必要谈判，如果谈判可以取得有利的条件，就应该去谈。于是吕运亨不顾临时政府多数人的反对，在张德秀等人陪同下去了日本。吕运亨在东京会见了古贺等人，就朝鲜问题交换了意见，但未能达成任何协议。他此行的主要成果，大概要算是获得了这样的一个机会：1919年11月27日，在东京的帝国饭店向各国记者团的五十多位记者发表了演说。在演说中，他正气凛然地痛斥日本的侵略行径，主张实现朝鲜的独立。这一事件经各国记者们报道出去后，日本政府十分难堪，只好把吕运亨等送回上海，而日本议会认为这一事件丢了大日本帝国的脸面，甚至对当时的内阁提出了弹劾议案。
吕运亨回到上海后，临时政府内部有两派意见，一派认为吕运亨这次赴日本大长了朝鲜人的志气，应该表彰。但另一派认为吕运亨在大多数临时政府成员反对的情况下，一意孤行去与日本人谈判，是目无纪律，甚至是“一种背叛行为”。这后一派的人与吕运亨闹的很激烈，双方相互敌视。韩国临时政府最后的结论：谴责吕运亨的渡日是一种背叛组织的行为，但是在另一方面，则对其发表演说的外交效果加以肯定，并认为吕运亨的行动并不违反朝鲜独立运动的基本精神。
经过了这一事件后，吕运亨对韩国临时政府颇为不满，再加上他本人的政治理念属于左派，而临时政府的成员以右派占多数，平时总有“话不投机半句多”的感觉。于是吕运亨又退出了韩国临时政府，并于1920年参加了参加以朝鲜人社会党为基础组建的高丽共产党，作为翻译部负责人，他曾经成功翻译了朝鲜语的《共产党宣言》。
