宝应县商贸总公司的内设机构包括五个职能科室，每个科室都有其特定的职责和功能。首先，办公室主要负责协助社领导处理日常事务，负责机关的文电、会务、机要、档案管理，同时承担着机关工作的协调、督办以及对外服务和接待等工作。议案、提案的办理也是其职责之一，还涉及机关行政事务、社会治安和综合治理等方面。
组织人事科主要负责系统内的党组织建设、党风廉政建设、干部人事和劳动保障工作。它还负责离、退休干部的管理，以及党务、纪检、监察、组织、宣传、教育和统战等工作，同时涉及“双拥”、计生、慈善和社区共建等社会事务。
财务审计科的核心任务是编制和管理机关预决算，监管资金使用，包括系统财务、会计、审计工作，以及“新网工程”项目的申报和监督。此外，它还负责股权监管、税务协调以及经费支出的审核和档案管理等。
经济发展科则负责县社本级社有资产和投资企业的管理，行使所有权、管理权和监督权，确保资产的安全完整和保值增值。它负责全系统的经济发展规划、项目投资、安全管理等，并推动体制、管理和科技创新，以及农村社区服务和专业市场建设等工作。
最后，合作事业科专注于系统合作社的制度建设，负责全县合作经济组织的发展和规范管理，指导基层社和各类合作社建设，同时参与农业产业化和社会化服务体系建设，以及农村信息网络建设和服务。