基础医学部成立于2000年3月，是怀化医学高等专科学校教学、科研的重要基地，承担着全校本科、专科及成人教育等医学专业基础学科的教学任务。基础医学部下设5个教研室、2个实验中心。承担着“人体解剖学”、“组织学与胚胎学”、“生理学”、“病理学与病理生理学”、 “医学遗传学”等5门主干医学基础课程的教学任务。现有省级教学团队一个，省级优秀教研室2个，国家级精品课程1门，省级精品课程2门，省级示范性实验室1个，湖南省普通高校基础课合格实验室1个。
本部拥有一支实力较为雄厚，结构比较合理，敬业爱岗的教师队伍。现有教职工53人，专职教师46名；具有副高以上职称者占34%，其中有教授12人、副教授4人，高级实验师2人；有硕士24人，博士3人。教师中有湖南省普通高校青年骨干教师3人，湖南省普通高校省青年教学能手3人，湖南省优秀教师1人，怀化市优秀教师1人， “怀化市十大杰出青年”1人。基础医学部还聘请了8位全国著名医学院的知名教授、博士生导师为客座教授。
近五年来，基础医学部教师承担省级教科研立项课题17项，市级10项，校级17项，参与国家自然科学基金项目2项。获国家“自然科学”成果二等奖1项，国家科技进步奖一等奖1项，国家发明专利2项，湖南省教学成果一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项，怀化市科技进步一等奖1项、二等奖3项，怀化市社会科学成果一等奖1项；发表教科研论文300余篇；主编出版教材33部，副主编和参编27部；主编出版专著7部。
本系部目前有40个教学与科研用实验室，仪器设备总值800多万元，实验室面积5000多平方米。具有最先进的全数字（网络版）显微形态数码互动实验室和多媒体显微形态实验室；装备了 BL-420 生物机能实验系统的现代化人体机能实验室。医学形态学实验中心的人体解剖学实验室平台有特色，其中500平方米的人体科学馆，展出人体标本1800余件，是我校医学基础教育的重要基地，也是我校对外交流、参观的一个窗口，该馆于2009年10月被确定为怀化市人体科学教育基地，2010年被确定为湖南省青少年科技教育基地。人体解剖学技术在全国处于领先地位，先后获得由中国解剖学会组织的全国医药高校人体标本研制比赛一等奖4项，三等奖3项，我部先后主持举办了四届由卫生部批准的全国解剖技术学习班。
基础医学部一直注重学生创新能力的培养，目前有5个学科开设了设计性实验和开放实验（实验室开放项目10余项，直接参与学生1000余人），我部有湖南省大学生研究性学习和创新型实验项目2009年 3项、2010年2项、2011年3项、，指导学校首届大学生“挑战杯”科技竞赛作品项目1项。
通过十年的艰苦奋斗，一支专业技能娴熟，教学能力较强的队伍，仪器设备先进，教学场地宽敞，配套设施较齐全的实验教学体系已逐步建成。如今的基础医学部，已经成为怀化医专对外交流和参观的窗口。在怀化医专校党委的正确领导下，基础医学部一班人团结一心继往开来，瞄准学校升办医学本科院校的目标，脚踏实地，只争朝夕，不断开拓创新，为实现学校第三步发展战略目标而努力奋斗。
