满江红假的秦桧最后死了，真的秦桧还活着。
大结局中，孙均逼假秦桧当众背出岳飞遗言，并让全军将士跟着复诵，而那遗言就是《满江红》。背完遗言后，孙均又将假秦桧押回房间里，阐述了一番作案动机后，假秦桧突然握住孙均手中的刀往自己胸口一捅，自杀了，临死说终于做回了自己。孙均由此反应过来，这是假秦桧，而真秦桧就在屋里。
接着，真秦桧登场，孙均最终还是留了秦桧一命：“他们要留你这个奸臣在这世上，背负世人的唾骂。有些事，比生死还重要。”
而真实历史中，秦桧生前的结局不错，65岁时病死，在当时也算是高寿，高宗赵构追赠其为申王，褒谥忠献。秦桧的儿子秦熺想要继承秦桧的相位，但被赵构拒绝了，这也预示着没有秦桧的秦家也要开始失势。
孝宗赵昚继位后，出于抗金鼓舞士气的需要，开始为岳飞平反。一直到其孙子宁宗赵扩时，秦桧被追夺一切王爵，改谥谬丑。再后来大家都知道，“青山有幸埋忠骨，白铁无辜铸佞臣”，秦桧的跪像受到全天下人的唾骂。
影片中真秦桧没被杀死的原因
秦桧是这个故事最早被确定的人物，作为历史上臭名昭著的坏人，刺杀秦桧无疑最能激起观众的认同，而片中出现的这些忠义之士，也会在刺杀的过程中，展现出蕴含在中国人基因中的家国情怀和慷慨悲歌。
编剧陈宇决定把“悬疑”作为影片的主基调，这也是商业片中最主要的类型之一，但他也清楚地意识到，现在的观众对于一般的悬疑电影已经不感兴趣了，创作者必须动用更高的智商和技巧，才能吊起他们胃口。
“这些小人物被卷入迷局后，他们一定会想着如何保命，但观众很快会发现，这些人原来是布局者；当这些人的身份暴露后，观众认为他们一定会杀死秦桧，故事却呈现出另外一种走势。”陈宇把这种叙事技巧称为“不同维度的反转”，在他眼中，这种叙事技巧无疑更加高级。
对于片中最后“到底杀不杀秦桧？”陈宇和张艺谋也研究了很久。杀了，不符合张大这些人的行动任务和精神追求；不杀，观众就可能看得不过瘾，不解气，情绪上无法纾解。最后，他们终于找到了一个解决方案：既见了血，又纾解了观众们的情绪，还能彰显出《满江红》这首词的出现超越了个人私情和生死的主旨。