劳动者旷工三天自离，劳动者和用人单位不一定解除劳动关系，实践中，劳动者自离的，用人单位会依法向劳动者寄送解除劳动合同通知书和解除劳动合同证明，在15日依法到用人单位所在地的社保局办理减员手续，终止劳动者和用人单位的权利和义务。劳动者没有回原用人单位办理离职手续的，用人单位可能会扣发劳动者的合法工资，劳动者回原单位依法办理；离职手续的，用人单位应当依法支付劳动者的合法工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第五十条 用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。