一、性质不同
1、拼音：是中华人民共和国官方颁布的汉字注音拉丁化方案，是指用《汉语拼音方案》中规定的字母和拼法拼成一个现代汉语的标准语音即普通话的语音音节。
2、音节：是表音语系中单个元音音素和辅音音素组合发音的最小语音单位
二、组成不同
1、拼音：由字母、声母、韵母、音节、声调组词。
2、音节：由音素（包含辅音和元音）组合发音。
三、特点不同
1、拼音：只用国际通用的26个字母，不增加新字母；尽量不用附加符号（只用了两个附加符号）。
2、音节：汉语音节是借用表音语系中的元音音素、辅音音素组合构成的。
参考资料来源：
百度百科-拼音
百度百科-音节