蚌埠医学院第二附属医院是一家医疗设施齐全、专业人才密集的医疗机构。医院现有职工623人，其中中高级专业技术人员占比较高，共计211人，医院编制床位550张，实际开放床位达到663张。医院设有22个临床科室和10个医疗技术科室，如心脑血管病防治中心、微创外科中心等，形成了一定的技术优势。血液内科、康复医学科和检验科在区域内享有声誉，检验科更是被国家卫生部授予“全国优秀实验室”。心内科、呼吸科等专科实力强大，各具特色，康复科在慢性疾病治疗康复方面有显著成果，治疗偏瘫方法独特。医院的医疗技术如视网膜剥离修复、超声乳化白内障治疗等日益成熟，并在一些如介入治疗、核素检查等项目上居于同级医院前列。
医院设备先进，医疗设施在皖东北地区乃至全省颇具竞争力。拥有美国GE的超导磁共振、CT机等高端设备，以及ICU、CCU监护设备等，总价值超过6000万元。新建的病房大楼设施完善，每个床位配备了现代化的“三集中”设施，病房环境舒适，达到国内一流水平。
历史悠久的蚌埠医学院教学医院，医院不仅是蚌埠医学院的教学基地，还承担着东南大学医学院等多所高校的临床实习任务。自2005年起，医院开始承担医学本科临床理论课程的教学，设有9个临床教学小组，拥有各类教室、技能室、教研室等教学设施，总面积超过3000平方米。医院致力于教学改革，以培养具有临床实践能力、终身学习能力和良好职业素质的初级医生为目标，推行“三早”医学教育模式，为医学生提供全面的培养。
蚌埠医学院第二附属医院坐落在风景秀丽的蚌埠市龙子湖畔宏业路220号，东连大学城，西临市政府，南北相连城市居民区，地理位置优越，交通便利。医院占地面积61264平方米，建筑面积38877.5平方米，绿化面积达86.4%，是一所集教学、科研、医疗、预防、康复和社区服务为一体的现代化综合性二级甲等医院、国家爱婴医院。医院正积极努力创建三级乙等医院。