主要设大会、执行局和秘书处三大部门。其中大会为最高机构,由会员国的代表组成,一般每两年举行一次大会(1954年之前为一年一届,1954年之后改为两年一届,其中,1983年以前为双数年份举行一届,而从1983年之后改为每单数年份举行一届,大会一般在总部巴黎举行,而在总部以外举行的先后有有八次:1947年在墨西哥、1948年在黎巴嫩、1950年在意大利的佛城(佛罗伦萨)、1954年在乌拉圭、1956年在印度、1976年在肯尼亚、1980年在南斯拉夫、1985年在保加利亚(其中除了佛城以外的剩下7次都在本国首都举行)),负责决定政策和计划,通过预算,选举执行局委员,任命行政首脑—总干事,向会员国提出有关教育、科学及文化方面的建议。执行局负责监督该组织各项计划的实施,每年至少举行2次会议。委员任期4年,总干事任期6年,可以连任。该组织现任总干事为保加利亚人伊琳娜·博科娃,她也是该组织成立以来首位女性总干事。 秘书处是日常工作机构,分成若干部门,分别实施教育、自然科学、社会科学、文化和交流等领域的业务活动,或进行行政和计划工作,各部门由一名助理总干事领导,现任总干事为保加利亚人伊琳娜·博科娃,她也是该组织成立以来首位女性总干事。
张秀琴。另外,该组织在包括中国在内的200多个其成员和准成员国家和地区的首都设有全国委员会,作为其在各个成员国的常设机构(其中南苏丹、安圭拉、中国澳门和开曼群岛迄今未设立全国委员会,德国的全国委员会设在波恩而非柏林,而阿曼和索马里的全国委员会的联系地址不在马斯喀特和摩加迪沙而在巴黎的教科文组织总部),我国的全国委员会1979年2月19日成立于北京。