南京市商务局承担着重要的职责，其主要任务包括:
1. 执行国家内外贸、对外经济合作、现代服务业和粮食流通政策，制定地方相关法规和战略规划，研究并提出应对经济全球化、区域合作及流通体制改革的建议。
2. 领导研究并制定现代服务业发展政策，推动重点项目建设，支持新兴服务业态发展，并参与行业标准制定。
3. 制定商务服务业年度计划，实施法律咨询、会计审计等服务行业的激励机制，指导服务贸易开放和国际服务外包发展。
4. 调整流通产业结构，支持中小商贸企业，推动电子商务和特定行业（如蔬菜副食品、餐饮住宿等）的管理工作。
5. 制定内贸发展规划，指导市场体系和商业网点建设，分析市场运行情况并提出调控建议，促进农村市场发展。
6. 维护市场经济秩序，进行商务行政综合执法，监管特殊流通行业和生猪屠宰，推动节能降耗和再生资源回收。
7. 负责重要消费品市场调控，建立应急供应机制，监控商品价格，管理储备和调控工作，规范成品油流通。
8. 贯彻执行粮食购销政策，保障粮食供应安全，负责地方储备粮管理和军粮供应，指导粮食行业工作。
9. 管理商品进出口，推动外贸增长方式转变，负责加工贸易和机电产品进出口工作，推进贸易便利化和品牌建设。
10. 执行对外技术贸易政策，推进贸易标准化，参与知识产权保护和进出口技术监管。
11. 执行多双边经贸合作政策，处理国别经贸关系，发展国际经济合作关系。
12. 负责对外经济合作事务，包括承包工程、劳务合作和援助项目管理。
13. 应对加入世贸组织后的过渡期工作，协调公平贸易相关工作，保护产业安全。
14. 负责对香港、澳门和台湾地区的贸易指导与交流合作。
15. 指导市贸促会工作，并负责商务系统的党的建设、精神文明建设和干部管理工作。
最后，商务局还需完成市政府交办的其他重要事项。
根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南京市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕63号）和《中共南京市委、南京市人民政府关于南京市人民政府机构改革的实施意见》（宁委〔2010〕43号），设立市商务局，挂市粮食局牌子，为市政府工作部门，承担推进内外贸融合以及现代服务业发展的责任。中共南京市委商务工作委员会（以下简称市委商务工委）为市委派出机构，与市商务局合署办公。