生信豆芽菜-deseq2差异分析

Question

如题所述

Answer 1

生信豆芽菜-deseq2差异分析

DESeq2是一个专为高维计量数据的归一化、可视化和差异表达分析设计的R语言包。其核心是经验贝叶斯技术，用来估计对数倍数变化和离差的先验值，并计算统计量的后验值。

使用时，需明确几个关键概念：Group（样本分组信息），一般两组对比；P值（事件发生概率），在差异分析中衡量分组样本重复性，组内重复性好，P值小，常认为P值小于0.05的特征（基因）差异是真实的。

操作步骤简洁明了：进入“生信豆芽菜-差异分析”网站，上传全基因表达谱矩阵和样本分组信息，输入对比组名，提交分析。结果包含差异分析结果和预处理基因表达谱，注意结果文件中列名对应关系，A列为基因，B列为logFC，C列为PValue，D列为FDR。

结果解读时，对于自测数据，样本量较少，建议选择P值而非FDR。不清楚数据类型时，可以下载示例数据进行分析。