随着招生分配制度的改革和市场经济体制的建立，学校主动面向市场，服务当地经济，紧紧围绕吉安产业结构调整，不断优化专业结构，专业涵盖农林类、信息技术类、加工制造类、商贸旅游类、财经类、社会公共事务管理类等，现开设现代农艺、园艺、畜牧兽医、果树、水利工程、建筑工程施工、市场营销、商务电子、会计电算化、酒店服务与管理、文秘、计算机应用、计算机网络与多媒体技术、计算机平面设计、电子技术应用、模具设计与制造、机电一体化、数控技术、服装设计与工艺、汽车驾驶与维修等专业。现代农艺、计算机应用专业为省精品专业，园林和畜牧兽医专业列为市重点建设专业。 学校始终坚持“以服务为宗旨、以就业为导向、以质量为核心”的办学宗旨，不断更新教育教学理念，深化教育教学改革。在教学上，根据人才培养方案与人才培养目标，不断调整课程设置，更新教学内容，改变教学方法，突出实践教学，注重培养学生的动手能力和实践操作能力。在学生教育上，注重学生的养成教育、社会责任感和劳动观念教育，注重学生综合素质的提高。大力推行“校企合作”、“工学结合”、“订单培养”办学模式，近年来，与长江三角洲、珠江闽三角洲、广东沿海地区和井冈山经济技术开发区等地方大中型企业及电信、移动等国有企业建立了“校企合作”关系，在井冈山农业科技园、井冈山经济技术开发区等科研生产单位建立了稳固的校外实习基地，为学生实习和就业搭建了平台。目前，学校学生就业前景广阔，就业率高，满意度好。学校还组织学生利用寒暑假到企业进行勤工俭学社会实践活动，取得良好的社会和经济效益。
师资队伍建设 学校现有专兼职教师236人（含聘用教师），其中硕士生11人，高级讲师57人。为适应学校发展，制定了教师提高计划，实施“名师”工程和“双师型”教师培养计划，通过“外引内培”的方式，打造了一支精干的教师队伍。目前，有30多名教师参加在职硕士研究生学习。 1991年办学水平评估中被农业部评为B等一级学校；1999年、2001年被江西省委、省政府授予省级文明单位；被江西省建设厅、江西省园林绿化委员会评为园林化单位；被江西省教育工会评为学校民主管理先进单位；2000年全国计算机高新技术考试站先进单位；2001年《稻粉虱生物学与防治技术》、《香石竹、唐菖蒲优良切花品种引进试栽》两项课题获吉安市人民政府科技进步三等奖；2002年《稻粉虱生物学与防治技术》课题获江西省人民政府科技进步三等奖，《江西田园杂草识别与化除技术》课题获吉安市人民政府科技进步三等奖。近年来教师发表论文：国家级100余篇，省级300余篇；参编教材：国家级20余种，省级8种；获省级奖励10余人次，地（市）级奖励20余人次。完成省级科研课题近20项，其中1个为省级重点课题、1个国家级课题；近年来组织参加省、市中职学校学生技能大赛获团体一等奖3个、获个人一等奖16人次。2005年被认定为省级重点中等职业学校，2006年被认定为国家级重点中等职业学校，2013年被教育部、人社部和财政部等三部委批准为国家中等职业教育改革发展示范校建设学校。
办学60年来，为社会培养了4万余名合格的中等专业技术人才和管理人才，为社会进步和经济发展作出了重大贡献。 当前，党中央、国务院高度重视职业教育事业，为职业教育发展注入了强劲动力，为此，校党政班子审时度势，抢抓机遇，提出“扩规模、提质量、创示范、上水平”的总体目标。相信，在市委、市政府的正确领导下，有社会各界的关心支持，井冈山应用科技学校（吉安农业学校）一定能成为全省仍至全国职业教育的知名职校。
