根据上述职责，市交通运输局设12个内设机构：
（一）办公室（加挂计划财审科牌子）。
负责文秘、档案、宣传、信访、保密、会务、督办、调研、信息、机关安全保卫、政务公开、对外交流、对外服务窗口管理和行政后勤管理等事务；负责社会治安综合治理、机关信息化建设工作；负责交通专项资金、交通规费管理工作；负责交通运输行业上级或本级政府政策性补贴资金和奖励资金的审核、拨付和使用的监督管理；负责部门预算编制和内部审计等相关管理工作；负责交通运输行业财政非税票据的管理和监督使用；承担局机关财务管理工作并指导局属单位财务管理工作；统筹局机关及局属单位专项经费的使用与管理；对交通固定资产实施监督管理；负责审核局属单位年度财务收支计划与报表。
（二）人事监察科（加挂机关党委办公室牌子）。
负责党务、纪检监察、机关作风、行政效能、体制改革、人事调配、干部监督、机构编制、劳动工资、技术职称管理、社会保险、离退休人员管理、统战等工作；负责工会、共青团、妇女和计划生育工作；负责出国（境）证件报批和管理；负责干部职工培训和精神文明建设。
（三）政策法规科。
负责拟订全市的交通运输法规、规章草案和政策措施并监督实施；承担交通运输行业规范性文件的合法性审核工作；承办执法听证、行政复议和行政应诉工作；负责交通运输行业行政执法监督工作；指导交通运输行业依法行政和普法教育工作；负责公路“三乱”的治理工作；指导交通运输行业协会工作。
（四）交通规划科（加挂总工程师室牌子）。
参与研究交通运输行业发展战略和中长期发展规划；负责编制全市综合交通运输体系规划及公路、水路、轨道交通(含地方铁路)、公共汽车、交通枢纽等发展战略、总体规划、专项规划及相关控制性详细规划，承担有关协调工作；参与大型公共基础设施交通影响评价工作；承担交通基础设施建设项目的前期工作、后期评价工作及有关规划、收费公路立项的审查报批工作；承担政府投资交通基础设施建设项目的方案研究；承担收费公路管理及收费站设置审核工作；提出国家、省与市政府有关专项资金和相关收费项目政府还贷资金的安排建议；负责交通工程技术管理工作；按照职责权限，组织审查交通基础设施建设工程项目和技改项目的可行性；参与交通科研项目的鉴定和重要研究成果的推广应用；研究解决交通工程设计和施工中的工程技术问题、工程质量事故问题，组织审定关键性的工程技术措施；参与交通工程项目建设和前期研究中有关工程技术问题的研讨，协调有关部门开展工作；按照职责权限，审核交通工程技术项目的论证和消化，组织参加对外有关交通工程技术交流活动。
（五）建设管理科。
承担公路、水路、轨道交通(含地方铁路)等建设市场的监督管理责任；承担交通基本建设工程质量、工程造价、安全监督、工程定额等监督管理工作；承担市管交通建设项目设计、施工许可审查审批和部、省管交通建设项目施工许可审批的初审工作；负责市管交通建设项目的竣（交）工验收；指导公路养护和农村公路建设、管理工作；协助做好交通固定资产投资统计工作；指导交通运输基础设施管理和维护工作；负责本部门职责范围内的应急管理工作。
（六）运输管理科。
参与制定道路运输行业相关政策措施和运营规范并监督实施；负责全市道路客货运输、站场管理的监督、指导工作；受上级交通主管部门委托或授权，负责道路运输车辆出入境相关业务管理；负责全市道路运输行业服务质量的监督管理工作；负责交通运输行业统计工作；协助组织实施抢险救灾等指令性任务；负责本部门职责范围内的应急管理工作。
（七）民航与公共交通管理科。
负责全市公共汽车、出租汽车的行业管理和我市事权内的轨道交通(含地方铁路)运输的行业监督管理协调指导工作；负责全市公共交通运力投放，协调轨道交通运力投放、线网布局和站场管理工作；负责对全市公共汽车、出租汽车和本市事权内的轨道交通(含地方铁路)运输的服务质量和经营行为实施监督管理；负责拟订城乡公交规划统筹、城乡公交一体化政策并组织实施；负责承担政府指令性公共交通运输保障工作;负责协调民航业法规、规章的贯彻实施；负责组织编制本市民航业发展规划；负责本市民航业的统筹协调与监督工作；会同有关部门制定航空运输业发展政策并监督实施；负责本部门职责范围内的应急管理工作。
（八）安全技术科。
负责协调交通运输行业安全生产工作，督促安全生产责任的落实；参与交通运输行业安全生产事故的调查处理工作；负责汽车、摩托车维修业开业、变更业务的核准和经营资质管理；监督管理营运车辆技术等级评定、二级维护和综合性能检测；指导交通运输行业技术改造、环境保护和节能减排工作；负责交通运输行业职业培训工作；负责机动车驾驶培训机构的核准及驾驶员培训的监督管理；负责本部门职责范围内的应急管理工作。
（九）港口综合科。
负责港口文秘、档案、信息、信访、保密、调研、行政后勤、安全保卫等管理事务；负责港口财务、审计、基本建设和固定资产管理；负责港口党务、纪检监察、政治思想、宣传教育、精神文明、综合管理、工青妇及计划生育工作；负责港口人事、劳资、考核、奖惩、培训、社保和离退休人员管理的工作。
（十）港口规划科。
负责组织编制港口总体规划和港区、作业区控制性详细规划；负责规划港区内港口建设项目用地及岸线的统一管理；负责规划港区内港口基础设施的统一开发、建设和管理；负责对港口建设项目实施监督管理；负责港口公共基础设施的登记、备案工作等。
（十一）港口安全科。
负责港口建设项目安全监督管理；负责港口安全评价管理工作；负责危险货物港口作业资质认定和年度审验工作；负责港口装卸、过驳、储存、包装危险货物和对危险货物集装箱进行装拆等作业的申报及现场监督管理工作；负责对港口企业安全生产情况实施监督管理；负责港口设施保安工作；负责港口安全评价管理工作；负责港口节能、环保工作等。
（十二）港务管理科。
负责受理港口经营许可工作；负责港口规费的征收管理工作；负责汇集、统计、上报港口有关数据和台帐工作；负责对港口从业人员的技术培训、考核和发证工作；负责港口调度、引航、外轮理货、港口经营的行业监督管理工作；负责重大业务活动港口运输的组织协调工作；负责组织实施港口重点物资、港口战备、防洪抢险紧急运输工作；负责航道、航标等助航设施的维护及管理工作；负责港口地方性法规、规章、政府规范性文件的起草、论证、修改及报批工作；负责开展港口政策课题调研；负责港口法律、法规、规章的宣传等。
