个别儿童注射流脑疫苗后，会在注射部位出现红肿、疼痛。还可能出现轻微瘙痒，硬结等不适。这类反应一般出现在接种后的24小时之内，可持续数小时或1-2天。这种轻微的红肿，疼痛无需处理，如果较严重可用热毛巾敷注射部位。
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少数儿童接种流脑疫苗后会出现发热，一般体温在38℃以下，也不排除会有出现38℃以上的情况。需要注意的是，接种疫苗引起的发热不坚决不能使用抗生素，否则疫苗就白接种了。低热时只需要物理降温就可以了，超过38.5℃服用退热药。
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少数儿童接种流脑疫苗后会有头晕、头痛、寒颤、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、全身不适等自觉症状，这些反应一般会在24小时之内恢复，很少持续3天以上。
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个别热接种流脑疫苗后会发生较严重的过敏反应，症见皮疹、血管性水肿喝过敏性休克，可表现为呼吸困难、气喘、面色苍白、乏力、心跳加快或眩晕，发生率随接种次数增多而增加，但这种情况非常罕见。此类接种反应多见于反复加强注射的对象，尤其以7岁以上儿童加强注射较为多见。