广州市花都区国家税务局为全职能局，根据工作职责，相应设置内设机构、派出机构和事业单位。 广州市花都区国家税务局内设机构为11个，级别为正科级。
1. 办公室
拟订本单位年度工作计划、有关工作制度；起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作；承担税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作；办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项。
2. 政策法规科
组织落实综合性税收政策；承担有关规范性文件合法性审核工作；承办局外综合性税收政策文件会办工作；承担重大税收案件审理工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门的监督与审计工作。
3. 税政科
组织实施增值税、消费税、营业税、企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法；管理增值税专用发票；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的具体执行工作；组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题。
4. 收入核算科
牵头编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作。
5. 纳税服务科
组织、协调和指导本单位各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；指导税收争议的调解；承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作。
6. 征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；组织实施综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
7. 财务管理科
组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项；承担本单位基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作；组织实施财务管理、基本建设项目和领导干部经济责任审计工作。
8. 进出口税收管理科
组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法；承担出口货物退免税的审核审批、年终清算工作；组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查；配合有关部门开展反骗税工作。
9. 人事教育科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；承担管理权限内领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作；监督检查本单位执行干部人事规章制度情况。组织实施本单位税务文化建设和基层建设；拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估。
10. 监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；组织协调本单位的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本单位工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本单位工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
11. 办税服务厅
负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法宣传、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理减免申请及有关优惠政策申请等。
机关党委办公室 负责单位的党群、党建工作；承担思想政治工作和精神文明建设；指导工会、共青团、妇委会工作；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作。
离退休干部科 承担本单位离退休干部的服务和管理工作。 广州市花都区国家税务局根据实际情况设税务分局6个。税务分局级别为副处级或正科级。税务分局主要职责是税源管理和税款征收工作。
（一）职责分工：
第一至第五税务分局负责对所辖税源的监控管理工作，对辖区内纳税人实行分类管理和有效服务。具体负责所辖纳税户税务登记、户籍管理、定额核定、纳税申报、税款征收、税款解缴、催报催缴、欠税公告、发票购销、金税发售、报税稽核、受理、办理涉税事宜、税源调查、税收预测和分析、税收宣传、咨询辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、政策送达、数据采集分析、组织实施纳税评估和稽核分析、处理一般性违规违章行为等，承办上级局交办的其他工作。
（二）管辖范围
第一税务分局：负责广州市花都区新华街、雅瑶镇范围纳税人的日常税源管理和税款征收工作。
第二税务分局：负责广州市花都区花东镇范围纳税人的日常税源管理和税款征收工作。
第三税务分局：负责广州市花都区炭步镇、赤坭镇范围纳税人的日常税源管理和税款征收工作。
第四税务分局：负责广州市花都区狮岭镇范围纳税人的日常税源管理和税款征收工作。
第五税务分局：负责广州市花都区花山镇、梯面镇范围纳税人的日常税源管理和税款征收工作。
第六税务分局：负责对花都区局管辖的纳税人进行税务检查，受理涉税案件的举报和查处工作。 广州市花都区国家税务局事业单位为3个，级别为正科级。
1. 信息中心
落实税收管理信息化建设规划和实施方案，执行信息系统管理制度和技术标准；承担本单位信息化建设的技术支持、保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织本单位信息安全管理与实施。
2. 机关服务中心
承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订机关事务具体工作制度并组织实施；承担机关办公用品的采购、保管、分配、维修；参与机关后勤体制改革工作。
3. 票证中心
承担税收票证、增值税专用发票、普通发票的管理工作。
