福建省国税系统的机构布局细致分明，由9个设区市局构成，它们下辖的市（县、区）局数量多达87个，进一步包括366个税务分局，这些分局均为副科级单位，以及10个税务所，均为正股级机构。这些层级的设置确保了税务工作的高效运行。
在人员配置上，福建省国税局拥有正式工作人员9810名，其中干部人数为9336，工人则有474人。值得注意的是，还有1427名临时人员为系统提供了临时支持。另外，包括离退休人员在内的总数为2347名，他们为国税事业做出了长期贡献。在职人员中，大专以上学历占比高达85%，显示出系统的高素质人才储备。
在省局机关方面，设有13个处室，1个机关党委办公室，以及1个直属稽查局和5个事业单位，构成了一支专业且高效的管理团队。目前，省局机关共有242名工作人员，其中6人为工人，而退休人员总数为30人，他们共同维护着省级国税机构的正常运转。
福建省国家税务局是福建省主管国家税收工作的行政机构，由国家税务总局实行垂直管理。
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