法鼓佛教学院秉持创新与实践并重的理念，致力于学术研究的深度挖掘和佛学人才的培养。学院集合了汉传、南传和藏传佛教的丰富资源，通过“印度佛学组”、“中国佛学组”和“西藏佛学组”的师资力量，探索佛教研修的新模式。进一步扩展了“佛学资讯组”，注重佛学数位典藏与知识管理系统的专业人才的培养，同时强化梵、巴、藏佛典语文的教学，以及英、日语的学习，以推动佛典翻译与研究的发展。
在实践修行方面，学院充分结合法鼓山僧伽大学佛学院的日常课程，如朝暮课诵、禅坐和共修活动，旨在培养稳定的修行习惯。利用法鼓山国际佛教园区的资源，学院深入探讨禅修、仪轨、弘化艺术的理论与历史演变，并设立实践修行指标，让学生在实际操作中理解学习内容，配合个人生涯规划，养成自主终身学习的习惯。
这样的教育方式旨在营造研究与修行并重的学习氛围，强调学业与志业的结合，助力学生们在学术与实践的双重道路上实现全面发展。
法鼓佛教学院是由圣严法师所创立的中华佛学研究所，于民国95年（2006年），依据“私立学校法”第九条修正︰允许设立单一宗教的“宗教研修学院”法源，向教育部申请成立。于民国96年（2007年）4月8日（佛诞节），举行“成立揭牌暨首任校长就职典礼”，成为我国第一所纳入高等教育体系的宗教研修学院，名为“法鼓佛教研修学院”。之后，依据教育部于民国96年（2007年）三月召开研订“宗教研修学院设立办法草案”会议决议：宗教研修学院及其系、所、学位学程，均应冠以该学院所属宗教惯用之名称，不硬性规定冠以“研修”之文字。因此，本校报请教育部自97学年度起（8月1日）核可，更名为“法鼓佛教学院”。