方向不同：
机械电子工程—嵌入式系统和设备控
电子与信息工程—嵌入式开发与应用
计算机系统结构—嵌入式系统及VLSI设计技术
内容不同：
机械电子工程主要是工业工控，智能仪表方面，包括白家电等方面下的控制系统
电子与信息工程主要是通讯方面，通讯设备，包括交换机，通讯网络设备，手机等
计算机系统结构主要是VLSI即超大型集成电路，是侧重硬件IC方面的，
侧重点不同：
机械电子工程相对来说开发使用的处理器相对处理能力弱一些，还包括使用PLC，但是对于开发者来说软硬件结合更紧密，对于小型系统需要负责软件和硬件的开发，除了学习嵌入式系统方面的知识外，还需要结合相关方向学习智能仪表，控制理论，电机等方面的知识；常用的处理芯片由单片机，DSP；
电子与信息工程除了学习嵌入式系统还需要学习通讯原理，数字信号处理，网络技术等，
计算机系统结构如果是软件方面就和电子与信息工程的差别不大；需要学些微电子，计算机原理等、FPGA等方面知识；