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    awk读取GTF文件

    生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?答：下载基因组FASTA文件时，选择primary assembly格式以获得完整基因组序列。FASTA文件包含序列名字行（以“>”开头）和序列行（序列信息，小写字母表示未知碱基）。gff和gtf文件用于注释基因组，包含基因、exon、CDS等信息，gtf文件的第9列用于详细注释。bed文件用于表示区域信息，如基因或Peak位置。be...
    [数据格式] (3)GFF与GTF格式:给表格里再加点料!答：举例来说，GFF2格式展示基本注释信息，而GTF2格式则增加了额外的注释细节。GFF3格式在属性中引入了与GFF2 group相对应的Parent标签，进一步丰富注释。转换工具如Cufflinks能够实现GTF与GFF格式间的相互转换，提供灵活的数据处理选项。若需从GTF或GFF格式提取位置信息生成BED文件，使用awk脚本是常见做法，实现高...
    lncRNA数据处理(get fasta>>>novel lncRNA)))答：""" cuffcompare -r ref-genome.gtf  -o output input_file """       ###会从中得到好多文件，一般我们会从*.tmap文件中进行筛选 """awk '{if($7>=0.5 && $10 > 1 && $11 >200) print $0}' 自己命名的.tmap |awk '{if ($3=="u" |...
    电脑索引要怎么设置做宏基因组分析电脑配置答：/bin/rm -f GRCh38_tmp.seqidfor i in `seq 1 22`; do # 累加染色体,第一次循环测试 chr1, # 第二次循环测试 chr1,chr2 echo "chr$i" >>GRCh38_tmp.seqid # 调用 seqkit 提取序列 seqkit grep -f GRCh38_tmp.seqid GRCh38.fa -o GRCh38_tmp.fa # 提取对应的 gtf 注释 awk 'BEGIN{OFS...
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