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Dock量子化学
药物分子设计简介
答:
药物设计的革命性转变正从传统经验筛选向基于计算机辅助设计(CADD)的理性化迈进。CADD的核心在于药物分子设计,它通过计算方法,如
量子化学
结构活动关系(QSAR)和分子对接,显著提升药物开发的效率。其中,2D-QSAR如Hansch法,假设活性与物理化学性质(疏水性、电荷性质、空间结构)息息相关,通过多重线性回...
简述分子对接的主要类型及其优缺点
答:
刚性对接:刚性对接方法在计算过程中,参与对接的分子构像不发生变化,仅改变分子的空间位置与姿态,刚性对接方法的简化程度最高,计算量相对较小,适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接:半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化,但通常会固定大分子的构像,另外小分子构像的调整也可...
计算机辅助药物设计的基本原理是什么?
答:
DOCK
的开发经历了一个由简单到复杂的过程:DOCK1.0考虑的是配体与受体间的刚性形状对接;DOCK2.0引入了“分而治之”算法,提高了计算速度;DOCK 3.0采用分子力场势能函数作为评价函数;DOCK 3.5引入了打分函数优化以及
化学
性质匹配等;DOCK4.0开始考虑配体的柔性;DOCK 5.0在前面版本基础上,采用C++语言重新编程实现,并进一步引...
韩聚广研究兴趣和方向
答:
最后,韩聚广对小分子(包括药物分子)与蛋白质结合的理论研究也有所贡献。通过应用
DOCK
和分子力场模拟方法,他探讨了小分子如何与蛋白质相互作用,以及这种相互作用如何影响药物的活性和选择性。综上所述,韩聚广的研究方向涵盖了
量子化学
、分子力学、光化学、材料科学和药物化学等多个领域,为推动交叉学科...
有用过药物分子设计软件的吗
答:
Dock
6.0、AutoDock、eHiTS蛋白质-蛋白质对接工具: HADDOCK、ESCHER、MONTY、ZDOCK、hex、BIGGER分子动力学工具:Gromacs、NAMD药效团模型工具:3DFS同源模建工具:ModellerDNA三维结构构建:3DNA分子文件格式转化工具:Babel、OpenBabel图形显示工具:Chimera、Vida、ICM browser、DeepView、Rasmol、VMD
量子化学
...
生物技术制药的新技术应用情况
答:
1、计算机辅助药物设计技术发展 计算机技术的发展和向药物化学学科的渗透,促进了药物设计的发展。#/ 世纪(/ 年代计算机辅助药物设计取得突破性进展,现已成为药物研究和开发的重要方法和工具。计算机辅助药物设计利用了计算机快速、全方位的逻辑推理功能、图形显示控制功能,并将
量子化学
、分子力学、药物化学、...
什么是基于配体的药物分子设计?主要包含了哪些手段
答:
受体在药理学上是指糖蛋白或脂蛋白构成的生物大分子,存在于细胞膜、胞浆或细胞核内。不同的受体有特异的结构和构型。配体指对受体具有识别能力并能与之结合的物质,也就是指药。基于配体的药物分子设计,既可以用于药物虚拟筛选,也可以用于反向寻靶,譬如药物筛选管理系统,基于二维或三维相似度等手段,...
什么是跨环效应?
答:
季胺碱、氮杂缩醛、烯胺以及具有涉及氮原子的跨环效应形式存在的生物碱,质子化则往往并非发生在氮原子上。
计算机辅助药物设计的基本原理是什么?
答:
计算机辅助药物设计是应用
量子
力学、分子动力学、构效关系等基础理论数据研究药物对酶、受体等的作用的药效模型,从而达到药物设计之目的。 计算机辅助药物设计的方法始于1980年代早期。当今,随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展,以及大量与人类疾病相关基因的发现,药物作用的靶标分子急剧增加;同时,在计算机技术...
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