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转录组测序
转录组
学基础——什么是RNA-seq
答:
RNA-Seq(RNA sequencing),也称为全
转录组测序
,是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息,可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA。RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着,通常会使用一种叫作...
转录组测序
和表达谱测序的区别是什么
答:
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA(包括mRNA,smallRNA及non-coding RNA等)的总和。
转录组测序
是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任...
转录组
是什么,
测序
是什么,有什么用?
答:
转录组分析指对细胞内所有转录产物的集合的分析。转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
转录组测序
一般是对用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高...
为啥
转录组测序
需要一定的样本量
答:
1、检测基因表达的可靠性和准确性:
转录组测序
的目的是检测基因的表达水平,样本量不足会影响测序结果的可靠性和准确性。足够的样本量可以提供更全面的基因表达信息,减少误差和假阳性结果。2、克服样本异质性:不同个体或组织之间的基因表达存在差异,即使同一组织或个体在不同状态或时间点上也会有所不同...
转载---[
转录组
] 转录组专题——关于样本重复性问题小技巧
答:
关于
转录组测序
,我们可能获得上万个基因的表达信息,那么利用PCA可将样本所包含的上万个维度的信息(上万个基因的表达量),降维至某些维度的综合指标(主成分)表示。一般选取PC1和PC2,来解释样本间的重复性好坏与组间样本的差异度。如下图PCA散点图,组内样本呈现相互聚集,说明组内的重复性比较好。 图4 Omicsmart...
转录组测序
和单细胞测序的区别有哪些?
答:
转录组测序
和单细胞测序是两种常用的基因组学技术,它们在研究基因表达和细胞异质性方面有所不同。以下是它们的一些主要区别:样本类型:转录组测序通常使用组织样本或细胞系等大量细胞的总RNA进行分析,而单细胞测序则从单个活细胞中获取RNA,可以解析细胞个体之间的差异。RNA捕获方式:转录组测序常用的方法是...
转录组
数据分析RNA-seq
答:
RNA-seq(RNA
测序
)是一种先进的
转录组
研究技术,它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息,包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程,主要分为以下步骤:1.数据质量控制:检查原始测序数据的...
转录组测序
和表达谱测序的区别是什么
答:
转录组测序
和表达谱测序的区别:转录组测序是RNA水平测序,相当于DNA水平的基因组测序,是一个框架;表达谱主要研究的是基因表达量的变化,上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱,否则没有Ref做参考。转录组测序和表达谱其实都是通过高通量测序技术进行的,转录组测序主要是针对没有参考基因...
转录组测序
是什么意思
答:
转录组测序
是一种高通量测序技术,可以在单个细胞或组织中全面分析并鉴定RNA的类型、数量和序列。这种方法可以揭示基因表达、基因调控、剪切变异等方面的信息,从而帮助我们更深入地了解细胞和组织的生物学功能。转录组测序的实验流程包括RNA提取、RNA样品制备、测序、数据分析等步骤,需要综合运用生物化学、生物...
全
转录组测序
可以选近缘物种作为参考基因组吗
答:
作为参考。对于无参考基因组的物种则只能参考相近物种的转录组大小。
转录组测序
所需的测序量随研究目的的不同而有所差异。目前,为保证数据分析结果的可靠性和准确性,推荐转录组测序采用最低4Gb clean data进行后续分析,如果想检测到低丰度的转录本推荐采用8Gb clean data。
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